Das Pfarrhaus in Freienbessingen, Haupthaus des späteren "Haus Jona", wurde 1886 erbaut (Ersatzbau für ein an anderer Stelle gestandenes, marode gewordenes Pfarrhaus). Es wurde in den Jahren des 2. Weltkrieges auch als Erntekindergarten mit genutzt, um die vielen Frauen, deren Männer im Krieg waren und die daher fast allein die Höfe bewirtschaften mussten, tagsüber von der Kinderbetreuung zu entlasten.
Nach dem Krieg wurden wegen der Wohnungsnot auch Umsiedler in das Haus aufgenommen. Seit Mitte der 1970er Jahre war es dann allerdings von keinem Pfarrer mehr bewohnt, da die Pfarrstelle nicht mehr besetzt wurde. Es wurde in den Jahren danach in den Sommermonaten als Freizeit-Rüstheim für Kinder und Jugendliche genutzt, die sich selbst versorgen mussten. Heimpersonal zur Betreuung gab es nicht. Zur Selbstversorgung wurde auf dem 3 Hektar großen Pfarrgarten Gemüse- und Kartoffelanbau und Schweine- und Schafhaltung betrieben. Die Auslastung war natürlich nur in den Sommermonaten zufriedenstellend. Daher wurden Konvente der Superintendentur Ebeleben und andere Veranstaltungen hier abgehalten, um die Unkosten abfangen zu können. Doch auch dies langte nicht. Der damalige Superintendent Bär suchte nach einer anderen Nutzung. Er wollte das Pfarrhaus zu einem Heim zur Betreuung von Alkoholkranken umbauen. Er gewann dazu das Ehepaar Riedrich. Zudem bildete sich ein Beirat aus zwei Körperschaften, nämlich der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Thüringen und dem Diakonischen Werk der Thüringer Landeskirche, um dieses Vorhaben umzusetzen. Auch Superintendent Bär und der damalige Vorstand des Kreiskirchenamtes Gotha, Stefan Große, gehörten dazu. Dieser Beirat nahm am 15. Juni 1988 das Pfarrhaus für die Nachsorge und Rehabilitation von Suchtkranken in Betrieb, setzte Herrn Riedrich als fachlichen Leiter ein und gab der Einrichtung den Namen „Haus Jona“.
Sehr schnell zeigte sich, dass die vorhandenen Gebäude den Ansprüchen zur Therapie und Betreuung von Suchtktanken nicht mehr genügten. So wurden im Jahr 1990 auf dem Gelände ein Einfamilienhaus neu errichtet sowie in den Folgejahren umfangreiche Sanierungsmaßnahmen im alten Pfarrhaus vorgenommen und die Kapazitäten erweitert. Zugleich wurde entschieden, zu therapeutischen Zwecken den landwirtschaftlichen Bereich zu erweitern und auf eine biologisch-organische Landwirtschaft umzustellen. Erweiterungsneubauten für die Betreuung und Unterbringung der Klienten sowie ein Drei-Seiten-Landwirtschaftshof für die Arbeitstherapie einschließlich der Verwaltung folgten.
Der letzte große Neubau auf dem ehemaligen Pfarrgelände - eine Bergehalle zur Einlagerung landwirtschaftlicher Produkte mit zwei Beschäftigungsräumen - wurde im Jahr 2015 für 394.200 € errichtet.